Alvorens Order-Direct te kunnen gebruiken moet het programma worden geïnstalleerd. Dit houdt in dat de vereiste mappen worden aangemaakt op de server en alle werkstations. In deze mappen worden vervolgens de benodigde bestanden geplaatst.
Er zijn twee soorten van deze bestanden; programmabestanden en gegevensbestanden. De programmabestanden zijn nodig om de hoofd- en onderhoudprogramma's te kunnen opstarten en correct te laten werken. De gegevensbestanden bevatten de gegevens waarmee Order-Direct werkt, zowel op de server als op de werkstations.
De Windowsversie van Order-Direct gebruikt een speciaal installatieprogramma voor het aanmaken van mappen en het kopiëren van bestanden.
Op de server staan geen programmabestanden, maar slechts gegevensbestanden, in een viertal mappen.
De plaats van deze bestanden kan willekeurig worden bepaald zolang de betreffende mappen maar toegankelijk zijn vanaf ieder werkstation waarop Order-Direct draait. Het programma vraagt om deze lokaties bij het voor de eerste maal opstarten van hoofd- of onderhoudsprogramma. Ze kunnen worden gewijzigd in het onderdeel computerinstellingen.
De algemene serverbestanden en historiebestanden kennen een onderverdeling in submappen. Deze structuur is vast en kan niet worden gewijzigd.
Op ieder werkstation worden de programma-bestanden geplaatst. Order-Direct maakt gebruik van zogeheten 'lokale bestanden' die eveneens op de harde schijf van het werkstation worden bewaard. In geval van de DOS-versie dienen deze bestanden vooraf op het werkstation te worden geïnstalleerd. De Windows-versie maakt dit soort bestanden automatisch aan wanneer ze nodig zijn, en verwijdert ze naderhand zelf.
De plaats van de bestanden op het werkstation kan zelf worden ingesteld. Meestal is dit C:\PZN. Order-Direct vraagt erom bij het voor de eerste maal opstarten van hoofd- of onderhoudsprogramma. Deze instelling kan naderhand worden gewijzigd in het onderdeel computerinstellingen. De onderverdeling in submappen is vast en kan niet worden gewijzigd.
De map Temp wordt automatisch aangemaakt door de Windows-versie wanneer deze niet aanwezig is. Wanneer Order-Direct niet actief is, dan is deze map in principe leeg. Als gevolg van storingen kan het voorkomen dat er bestanden in deze map achterblijven nadat Order-Direct afgesloten is. Deze bestanden kunnen in dat geval zonder problemen worden verwijderd.